Конференция была организована при участии Научного совета РАН «Роль религий в истории», Института российской истории РАН, Учебного комитета Русской Православной Церкви, Санкт-Петербургской духовной академии и Российской академии образования.
Конференция началась с совершения Божественной литургии и панихиды по митрополиту (Никодиму), с участием митрополита Новгородского и Старорусского Льва, архиепископа Брюссельского и Бельгийского Симона, ректора СПбДА епископа Петергофского Силуана, других архиереев и священников, преподавателей и гостей СПбДА.
После панихиды было зачитано обращение святейшего Патриарха Кирилла по случаю 95-летия митрополита Никодима (Ротова). Затем был проведен торжественный поминальный концерт, завершившийся речью митрополита Новгородского и Старорусского Льва. Доклады и их обсуждения проходили на пленарном заседании и трех секциях.
Пленарное заседание было открыто докладами академика РАО О.Ю. Васильевой и проректора по культуре СПбДА Е.М. Гундяевой. Далее выступали представители церковной и светской исторической науки, историки и богословы. От Института теологии СПбГУ в конференции принимал участие старший преподаватель Института теологии иеромонах Тихон (Васильев), выступивший с докладом на секции «Личность в истории церкви в новейший период».